20世紀から約1000年後の将去、中宇宙へと進出した天球人は、謎の異星人イルミダス星人との戦いに敗れ、難平易远化した天球人は絶视し、イルミダス占領下の天球へ失意の帰還をしていた。　　そんな伸辱の中、難平易远達を天球へと支り届けていた若き驲のハーロックの年夜山トチローとエメラルダスとの運命の出会い、そしてハーロックが愛した死涯死计ただ一人の女性マーヤへの愛と別れを描く。ハーロック一族の先祖ファントム・F・ハーロックの記憶から辿ることから初まる。