由古至现在，斗神士有三个流派。“天流”负责守护被关闭了的异空间“伏魔殿”，“地流”负责讨伐自伏魔殿漏出的妖怪，“神流”则于伏魔殿很深的地方暗中活动，用影子操纵天地。开始了对被留下了的天地的斗神士的攻击。但是根据约一千年前，地流突然袭击天流而令两个派决裂了。到了现代，天流大体上丧失著作为流派的机能，天流斗神士们分散在各处。地流从新总帅彌加土的指挥下从衰退中复兴，开始对被分散各地的天流斗神士进行袭击。“阴阳大战”终于开始……