正在上古时期，仙界的元初天尊战灵宝天尊为了生长自身的势力，各自成坐了阐教战截教，并正在人界传讲布教，扶持署理人。很快，双圆人马便爆收摩擦，若干千年去一直摩擦一直，终究正在人界引收一场旷世年夜战，雅称“启神之战”。启神之战，阐教势力年夜获齐胜，然则元初天尊的最终神器“挨神鞭”却正在战后偃旗息饱，再无新闻。3000年后，“挨神鞭”的着降重现于世，线索直指世间，为了找到“挨神鞭”，阐教势力正在世间成坐了“稀奇事宜治理局”（特管局）。特管局的成坐并没有内外看上去那么简朴，似乎隐藏着伟年夜的阴谋。而截教的剩余势力一样成坐了“制神研讨所”，暗天里勾通妖界，研讨人妖联开的最终气力，只为东山中兴。《三魂纪》的故事序幕由此睁开。